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除一般生活污水成分外，医疗污水还包含化学物质、放射性废水以及病原体。像肝炎等传染病病房排放的污水，若不经过严格消毒处理直接排放，会成为疾病传播的源头，严重威胁公众健康。没有集中污水处理设备的医院，感染性粪便必须单独消毒，实现无害化处理。不同科室产生的污水成分和数量差异显著，例如重金属废水、含油废水、印刷废水、放射性废水等，且不同性质的医院，如综合医院、专科医院等，污水成分也有很大不同。
在医药生产过程中，由于使用高浓度盐水作为原料或溶剂，以及合成反应产生无机盐等副产品，导致医药废水盐含量极高。高盐度环境对微生物的生长极为不利，微生物的脱氢酶活性会降低，同时水的渗透压随盐浓度增加而上升，使微生物细胞脱水、原生质分离，进而影响微生物对污染物的降解能力，增加了废水处理的难度。
在我国多数地区，医药废水处理目标通常设定为一级或二级处理，主要采用氯化、次氯酸钠消毒剂或液氯和二氧化氯进行消毒。然而，在实际操作中，消毒剂剂量控制问题较为突出。部分医院为确保彻底消毒，过量使用消毒剂，不仅造成资源浪费，还可能对环境产生二次污染；而另一些医院为节约成本，消毒剂剂量明显不足，无法有效杀灭病原体，达不到良好的消毒效果。
医院常用的污水消毒方法分为化学法和物理法，其中化学法中的氯化消毒方法应用为广泛，使用的消毒剂包括液氯、二氧化氯、漂白粉、次氯酸钠等。加氯消毒工艺因其操作简单、能有效杀灭细菌等病原体而被医院广泛采用，但其局限性也不容忽视。例如，氯化消毒可能会产生消毒副产物，这些副产物具有一定的毒性和致癌性，对环境和人体健康存在潜在危害。
